La piedra angular del Sistema de Protección es la queja o la petición individual ya que a partir de ella se inicia el procedimiento ante este sistema.

Cualquier persona o grupo de personas, o entidad no gubernamental legalmente reconocida en uno o más Estados miembros de la OEA, puede presentar ante la Comisión Interamericana peticiones que contengan denuncias o quejas de violación de la Convención Americana por un Estado Parte (artículo 44 de la Convención).

En los casos de los Estados miembros de la OEA que no son partes de la Convención Americana, la Comisión Interamericana puede recibir y examinar peticiones de cualquier persona o grupo de personas, o entidad no gubernamental, que contengan denuncias sobre presuntas violaciones de los derechos consagrados en la Declaración Americana de los Derechos y Deberes del Hombre.

El artículo 46 de la Convención señala las reglas para admitir dichas peticiones o comunicaciones entre las que destaca:

1. El agotamiento de los recursos internos,
2. la presentación dentro del plazo de seis meses contados a partir de la notificación de la decisión definitiva y

3. que el asunto no esté pendiente de otro procedimiento de arreglo internacional.

Los dos primeros requisitos, aclara la Convención, no serán necesarios cuando:

1. No exista en la legislación interna el debido proceso legal para la protección de los derechos que se alegan como violados o

2. cuando no se haya permitido al presunto afectado, el acceso a los recursos de la jurisdicción interna o

3. cuando exista un retardo injustificado en la decisión de éstos.

Una vez admitido el caso, se establecen una serie de comunicaciones entre los peticionarios, la Comisión y el Estado presunto responsable para que presente un informe sobre los hechos denunciados. Los plazos para dar contestación los fija la CIDH.

A fin de comprobar los hechos, la Comisión puede celebrar audiencias y si lo considera necesario puede realizar una investigación in loco con el consentimiento del Estado escenario del caso.

La Comisión debe ponerse a disposición de las partes para lograr una solución amistosa del asunto. De llegarse a tal solución, la Comisión redacta un informe que se transmite al peticionario y a los demás Estados partes en la Convención, y al Secretario General de la OEA para su publicación, la cual contiene una breve exposición de los hechos y la solución lograda según lo indica el artículo 49 de la Convención.

Si no se llegara a una solución amistosa del asunto, como lo enuncia el artículo 50, la Comisión redacta un informe en el que expone los hechos y las conclusiones, así como las recomendaciones que juzga adecuadas y lo transmite al Estado interesado quien no podrá hacerlo público. En cambio, en su artículo 51, la Convención establece que si en el plazo de tres meses no se han considerado las recomendaciones de la Comisión o no ha sido solucionado el asunto, ésta puede emitir por mayoría absoluta de votos de sus miembros, su opinión, conclusiones y hacer recomendaciones que deben ser tomadas para remediar la situación del caso y decidir si lo publica.